Em 1268 D. Afonso III quis ter um apoio militar-religioso na zona alentejana entre o concelho de Évora e o de Beja e pediu ao seu amigo e colaborador João Peres de Aboim, senhor de Portel, que apadrinhasse a fundação de um mosteiro da Ordem do Hospital de S. João de Jerusalém, em Vera Cruz do Marmelar, sendo o seu fundador e primeiro prior, Frei Afonso Pires Farinha, que também havia sido companheiro de armas do rei português (foi seu conselheiro e testamenteiro).
Segundo a lápide que se encontra na sacristia da igreja de Vera Cruz, a construção do mosteiro, iniciada por Frei Afonso Pires de Farinha em 1268, prolongou-se por 20 anos.
Foi reedificada no corpo da nave em meados do século XVI, a expensas do comendador Cristóvão da Cunha, mantém a abside medieval, constituída por três capelas românicas de cantaria lavrada, em grande parte recuperada de um primitivo templo visigótico, sendo de admitir que aí tenha existido uma primitiva construção.SANTO LENHO (VERA CRUZ) – Venera-se nesta igreja a mais antiga relíquia do Santo Lenho do País, que terá sido trazida da Terra Santa, por Frei Afonso Pires de Farinha, numa das suas várias peregrinações aos Lugares Santos da Palestina, segundo alguns historiadores, incorporado na 7.ª Cruzada chefiada por S. Luís, rei de França e por Eduardo Plantageneta, rei de Inglaterra. A santa relíquia, inicialmente, destinava-se à Sé de Évora, mas um insólito prodígio forçou a sua permanência no mosteiro dos frades hospitalários de Marmelar.
