A igreja de S. João Baptista, classificada como Monumento Nacional, foi edificada nos inícios do séc. XVI, constituindo assim o melhor exemplar do estilo Manuelino existente no concelho.
Esta igreja só foi construída porque, a primitiva matriz de Moura a Igreja de Santa Maria do Castelo, situada dentro do perímetro das muralhas, sendo até meados do século XV a única sede paroquial da povoação, não tinha espaço para suportar tantas pessoas.
A igreja de S. João Baptista, tem três naves abobadadas, onde se destaca a capela mor, composta por azulejos sevilhanos em tons de azul, separadas entre si por oito arcos quebrados, assentes em duas séries de pilares octogonais.
É também notável na nave principal um grande púlpito em mármore.
Na torre sineira pode ser apreciado o varandim que foi construído apenas em 1610, de onde era dada a missa aos reclusos da prisão local, situada em frente à matriz.
A igreja sofreu derrocada parcial em 1708, tendo desabado o coro alto e parte da nave do meio, o que obrigou à sua reconstrução. As obras duraram dois anos, tendo-se verificado a reabertura do templo ao culto a 12 de Abril de 1710.
O portal principal, apresenta um rico programa decorativo, formado por relevos de folhagens, boleados, colunas torsas e espiraladas, enquadrando ao centro o escudo de Portugal ladeado por duas esferas armilares, emblemas de D. Manuel. 
