Em 1268 D. Afonso III quis ter um apoio militar-religioso na zona alentejana entre o concelho de Évora e o de Beja e pediu ao seu amigo e colaborador João Peres de Aboim, senhor de Portel, que apadrinhasse a fundação de um mosteiro da Ordem do Hospital de S. João de Jerusalém, em Vera Cruz do Marmelar, sendo o seu fundador e primeiro prior, Frei Afonso Pires Farinha, que também havia sido companheiro de armas do rei português (foi seu conselheiro e testamenteiro).
Segundo a lápide que se encontra na sacristia da igreja de Vera Cruz, a construção do mosteiro, iniciada por Frei Afonso Pires de Farinha em 1268, prolongou-se por 20 anos.

SANTO LENHO (VERA CRUZ) – Venera-se nesta igreja a mais antiga relíquia do Santo Lenho do País, que terá sido trazida da Terra Santa, por Frei Afonso Pires de Farinha, numa das suas várias peregrinações aos Lugares Santos da Palestina, segundo alguns historiadores, incorporado na 7.ª Cruzada chefiada por S. Luís, rei de França e por Eduardo Plantageneta, rei de Inglaterra. A santa relíquia, inicialmente, destinava-se à Sé de Évora, mas um insólito prodígio forçou a sua permanência no mosteiro dos frades hospitalários de Marmelar.

O Santo Lenho trazido para o mosteiro de Marmelar tornou-se mais conhecido a partir da vitória dos cristãos contra os mouros, na batalha do Salado, em 1340, onde esta santa relíquia empunhada pelo Prior da Ordem do Hospital (Crato), Álvaro Gonçalves Pereira, teve um papel determinante, juntamente com 100 cavaleiros e mil peões eborenses chefiados pelo alferes Gonçalo Esteves Carvoeiro, segundo reza a lápide que se encontra à entrada da capela do SS. Sacramento, na Sé de Évora.
Foi depois da estrondosa vitória do Salado que a relíquia do Santo Lenho foi dividida em duas partes ficando uma em Vera Cruz do Marmelar e a outra foi destinada à Sé de Évora.

Outra peça notável é a cruz processional, românica, do século XIII, de prata e esmalte policromos, que pertenceu aos Templários portugueses.
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